Jakub Dvořáček zastává od roku 2011 funkci výkonného ředitele AIFP, asociace sdružující aktuálně 34 farmaceutických společností s vlastním vývojem nových léčiv. Předsedá také představenstvu Národní organizace pro ověřování pravosti léčiv (NOOL).
V letech 2009–2011 působil v divizi investic agentury CzechInvest, státní příspěvkové organizaci Ministerstva průmyslu a obchodu ČR, zaměřené na podporu podnikání a investic. Zodpovídal za oblast přímých zahraničních investic do České republiky a správu sítě zahraničních zastoupení agentury. Zároveň působil jako poradce ministra na Ministerstvu školství, tělovýchovy a sportu ČR. V předchozích letech zastával různé pozice v Charitě České republiky, kde měl na starosti řízení rozsáhlých osvětových kampaní či rozvojových a humanitárních projektů po celém světě.
Je absolventem Univerzity Karlovy a postgraduálně také programu MHA (Master of Healthcare Administration). V současnosti studuje program určený zkušeným profesionálům (zejména vyšším manažerům) v zájmu prohloubení znalostí v oblasti práva – Master of Laws (LL.M.).